A primeira terá como missão a investigação de ilícitos fiscais, mantendo-se muito próximo do Ministério Público e com destacamentos em Faro, Lisboa, Coimbra e Porto, à semelhança do que acontece actualmente. Mas já a Unidade de Controlo Costeiro herdará as missões do Serviço Marítimo, mas agregadas a uma nova ferramenta tecnológica, o SIVICC, uma infra-estrutura de vigilância de costa, fixa e móvel e que irá trabalhar ao longo de toda a costa. A prioridade de instalação, num concurso em fase de conclusão, vai para o Algarve, onde as ameaças de tráfico de droga e de imigração ilegal são maiores. Mas a segunda prioridade de instalação vai para o Minho, onde tem sido sentido uma pressão cada vez maior por parte do tráfico internacional. Mas quer o Minho quer o Algarve irão ficar directamente ligadas pelo SIVICC ao sistema de vigilância espanhol, que deverá ficar tecnologicamente conectado com o português, para interligação de forças. O sistema orientará as operações terrestres e marítimas a nível da atribuição e seguimento de alvos, e um dos principais instrumentos serão as lanchas rápidas LVI. No entanto, falta à futura unidade um tipo de embarcação com mais autonomia, para poder executar acções de patrulhamento mais prolongadas.